GotSent ist die einfachste Methode, ein MKV ins MP4-Format umzuwandeln:
AfterDawn.com: Guides and articles
AfterDawn.com: Guides: How to play MKV content on Xbox 360

Hinter GotSent stecken jede Mengel Tools, die nacheinander aufgerufen werden, und welche das sind, wird hier erklärt:
http://www.afterdawn.com/guides/archive/how_to_play_mkv_content_on_xbox_360.cfm
Download and install VideoInspector.

Mit DOS-Batches kann man das gleiche wie mit GotSent machen, wenn die entsprechenden Tools vorhanden sind:
MKV to MP4 (mkv2mp4.bat)

GotSent arbeitet defaultmäßig mit dem Parameter -fps 23,976, ein Standard-Frame-Wert für alle Blu-Ray bzw. HD Rips.
Was aber, wenn in deinem Film Surrogates ein FPS von 29,97 eingetragen ist?
Dann hat GotSent das gleiche Problem wie XenonMKV, und das ist hier beschrieben:
Print Page - Audio always out of sync

Fehlerquellen wären also:
1. Surrogates x264 hat eine Framerate von 29,97.
2. Surrogates x264 ist defekt, irgendein GOP ist zerschreddert und ab dem Punkt wirds asynchron.

Weil GotSent und auch XenonMKV erfolgreich (fast) immer wieder bewiesen haben, dass sie einfwandfrei funktionieren, liegts wohl an defekten x264 Datenstrukturen in dem Film Surrogates.

Lösungsvorschlag 1: Surrogates x264 von anderen Quellen besorgen.
Lösungsvorschlag 2: Komplizierte Anleitung von afterdawn.com Schritt für Schritt
nachvollziehen.