Wenn Du mit VirtualDub arbeiten willst, es aber etwas einfacher haben möchtest, kannst Du einfach autoGK benutzen. Das benutzt den Virtual Dub-Klon VirtualDubMod für das Reencoding.
Falls es damit nicht funktionieren sollte (ich hatte allerdings mit dem Proggi bislang noch nie Probleme), kannst Du es auch mit Avidemux versuchen. Das Programm ist ein Universalwerkzeug für die Videobearbeitung, speziell von *.avi's: Teile zusammenfügen und schneiden, Tonspuren muxxen, Untertitel hardcoden und auch um vermurkste DVD-Rips zu reparieren, Croppen und Resizen in einem Arbeitsgang. Und Rippen geht natürlich auch, das Programm ist eine sehr verständliche aufgebaute GUI für die Encoder-Bibliothek ffmpeg.
Ach ja, zur Bedienung zu autoGK. Hier wählt man nicht die einzelnen VOB's (bzw. das erste des Hauptfilm), sondern die dazugehörige IFO-Datei. Bevor man das Reencoding startet sollte man das Ergebnis mit "Preview" zuvor kontrollieren. Falls z.B. die Bildauflösung nicht stimmen sollte (4:3 statt 16:9 erkannt, weil der DVD-Vertrieb die schwarzen Balken oben und unten als Teil des Bildes definiert hat, non-interlaced) kann man das über "Strg+F9" korrigieren, links unten dort bei "Override AR" ein Häkchen rein und als Format "16:9" wählen.