Versuch mal mit AVIDemux die MKV zu repacken und dabei nur den Audiostream neu codieren.
Also als Container wieder MKV auswählen, bei Video "Copy" und bei Audio z.B. AC3.

Wenn das Video keine Fehler enthält, sollte es beim späteren umpacken (demuxen) keine Probleme mehr geben.

Berichte mal ob’s klappt.
Gruß ZeroMike